این کانال، علاوه بر اهداف سیاسی، با تمرکز بر توسعه زمین‌های کشاورزی در شمال افغانستان، به دنبال ایجاد فرصت‌های شغلی، افزایش تولیدات کشاورزی، کاهش وابستگی به واردات مواد غذایی، و بهبود امنیت غذایی است.
ساخت کانال قوش تپه توسط افغانستان نگرانی‌های جدی را از سوی ازبکستان و ترکمنستان ایجاد کرده است.
